蛋白质组(proteome)是指一种细胞乃至一种组织、一种生物所表达的全部蛋白质,它主要着眼于一个基因组所表达的蛋白质构成的整体.1999年Nature杂志将蛋白质组定义为:"在一个细胞的整个生命过程中有基因组表达的以及表达后修饰的全部蛋白质",这一定义中引入了时间和空间的概念,从整体水平上研究细胞内蛋白质的组成和活动规律,不仅对细胞内蛋白质进行测量和鉴定,还包括其定位、修饰、活性、功能以及相互作用,最终目的是建立完整的蛋白质文库.蛋白质组学研究主要涉及两条发展线:一是表达蛋白质组学(express proteomics)(或称结构蛋白质组学,structural proteomics),指在整体水平上研究生物体蛋白质表达的变化,是对细胞或组织中的蛋白质表达量化谱的反映;二是功能蛋白质组学(function proteomics),主要研究蛋白质在细胞内的行为、运输及相互作用,从而构建细胞谱蛋白质组学(cell map proteomics).当前蛋白质组研究侧重点在建立正常细胞和组织的蛋白质组表达图谱及蛋白质组数据库,比较分析在病理或治疗干预下蛋白质组变化,通过比较分析,筛选具有特定功能的蛋白质群体.2001年Science杂志就已经把蛋白质组学列为人类六大研究热点之一,可以说蛋白质组研究的开展不仅是生命科学研究进入后基因组时代的里程碑,也是后基因组时代生命科学研究的核心内容之一。