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排污权交易在中国的试点过程中,显现了强大的生命力,然而,由于对排污权交易基础理论理解的偏差,导致了实践层面上的缺陷,如排污权初始分配是否应该有偿的问题;排污权商品再分配价格应不应该包括正的外部效应价值问题;在排污权交易制度改革与中国其他制度的改革（现行税制改革、绿色GDP的推行）进行中出现的不协调的问题。