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首先构建了企业创新的框架体系，将企业创新分为自主研发与协同创新，然后基于高技术产业科技投入产出数据，采用面板数据模型和面板门槛模型分析了自主研发与协同创新弹性系数及其门槛特点，建立了自主研发自身门槛模型、协同创新自身门槛模型、创新产出对自主研发门槛模型、创新产出对协同创新门槛模型、科技人力资源对自主研发门槛模型。研究结果表明，自主研发的绩效较高，具有规模经济效应；协同创新绩效总体较低，较低水平地区绩效较高；科技人力资源绩效总体不高，科技人力资源投入较低地区自主研发绩效较高。