由于医院废水的来源十分复杂，所含有的病原细菌、病毒、化学试剂均比较丰富，有时甚至存在放射性物质。相比较于工业废水、生活污水，医院废水尽管水量小，但是所含有的病原微生物较多，特征主要体现在空间、急性、潜伏性传染，若不能进行严格有效的管理与处理，则会对水体造成污染与传播疾病，从而会对人体健康产生严重威胁，基于此，十分有必要采取有效措施来消毒处理医院废水。现如今，关于医院废水的消毒处理主要有两种方法，即物理法、化学法，现就两种方法进行了详细的介绍。
　　1物理法
　　包括各种方法，如机械过滤、加热、微电解、微波消毒、紫外线、辐射等，其中加热法、紫外线法所具有的使用率最高。
　　1.1加热法
　　对于微生物而言，高温能够将其有效杀灭。热力灭菌主要是指菌体在高温作用下会出现变形或凝固的情况，促使酶失活而诱发细菌死亡。然而，细菌在凝固前，DNA单螺旋断裂已经出现了细微的变化。在加热菌体的过程中会破坏DNA、RNA的氢键，随之也会破坏其他结构，如蛋白质、核酸、酶等，致使其不具备生物学活性而杀灭细菌。同时，在高温作用下会损伤胞膜功能而漏出小分子物质、降解的核糖体。
　　热力灭菌主要有两种，即湿热、干热灭菌，在温度相同的情况下，相比较于后者前者所具有的杀菌效果更好。
　　1.2紫外线法
　　使用紫外线可将多种微生物杀灭，尤其是在杀死隐性孢子虫卵囊杀死的同时任何的有害副产物都不会出现，因此被广泛的应用到西方发达国家中，尤其是在小型水厂。
　　紫外线是一种光波，电磁波谱在200-400mm之间，因波长不同所产生的生物效应具有很大差异，灭菌能力最强的当属250-260mm波长。究其原因，这主要与细菌脱氧核糖核酸、核蛋白的吸收光谱为254-257mm，紫外光能量一旦被细菌吸收会造成DNA链断裂而诱发细菌死亡。在处理医院污水时，采用紫外线可进行快捷彻底的消毒，不会对水质造成任何污染，且便于运作，能够有效节省使用与维护费用;所产生的的副产物无毒、无害，对管网水质生物稳定性造成损害的副产物均不会增加，如AOC何BDOC等;有助于嗅、味与降解微量有机污染物的显著降低;经过紫外线消毒以后，水中不会增加任何的化学添加物，任何新化学合成物也不会产生，有益的矿物质可以充分保留下来。基于此，紫外线消毒法本身所具有的应用前景十分广阔，但是消毒后因不能持续有效的进行消毒，细菌在杀灭以后复活的可能性较大，为此可以联合其他方法使用。
　　2化学法
　　2.1氯化法
　　2.1.1液氯法
　　早在二十世纪五年年代，液氯就是一种比较成熟的消毒剂，所含有的有效氯为100%，具有很强的杀菌力，将其放在水中便会出现水解而生成次氯酸。
　　液氯所具有的消毒作用机理多经次氯酸发生作用。在水中加入液氯会先水解生成次氯酸等物质，因这是一種电中性分子，即分子量非常小，向带负电细菌表面渗透的可能性较大，经细胞壁可穿透到细菌内部，细菌酶系统可受到氧化作用的破坏而杀灭细菌。
　　液氯法费用低、细菌杀伤力强，但是在消毒时极易受到水温、水质、加药量等外界因素的影响，且如果加入过多的氯量会二次污染水质。
　　2.1.2次氯酸盐法
　　在次氯酸钠溶液中含有10-20%的有效氯，不仅价格低廉、使用安全，且方便贮存，所投入的设备比较简单，技术要求不高;但是，在实际操作时所产生的气体带有强烈刺激性，对于人员的身体健康十分不利，且不能有效的控制消毒液农业，反应后会导致污水池内堆积大量残渣，从而堵塞下水道。
　　2.2臭氧法
　　臭氧是高效消毒剂之一，在水中溶解后会出现两种反应。其一，直接氧化，反应速度较慢且具有较高的选择性，能够与乙醇、胺、芳香族化合物出现反应。其二，臭氧通过分解会形成羟基自由基而诱发链反应，且还会产生单原子氧，其本身所具有的氧化能力较强且十分活泼，对于水中有机物质、细菌、微生物等能够瞬间分解。
　　羟基本身是一种强氧化剂与催化剂，所产生的连锁反应能够充分降解水中的有机物，在溶液pH大于7时，会加剧臭氧分解速度，自由基型反应张主导，具有较快的反应速度，但选择性不高。受经济等因素的影响，臭氧投加量很难全部促使大分子有机物无机化，且过量投入也很难出现其他物质，更不能矿化全部有机物;臭氧发生氧化反应后会提升水中的AOC，水中细菌出现再度繁殖的可能性较大。总之，臭氧尽管会生成副产物，但是浓度不高的情况下毒性问题不会有多严重，且其在水中缺乏稳定性，极易消失，因此很少作为唯一的消毒剂使用。
　　当下，国内外所研究的消毒剂尚不能完全满足人们的需求，关于消毒剂的选择只能根据消毒对象、目的进行，各种消毒方法有利有弊，除了存在许多主流消毒技术之外，如氯、臭氧、紫外线等，还需要进一步研究与开发新的消毒方法。然而，新方法需进行不断的研究与改进，为此实际生产过程中需将医院废水水质结合起来，对经济条件进行充分考虑，在此基础上配合各种工艺，通过取长补短的方式来进一步提升处理效果。