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目的：对右美托咪啶、依托咪酯分别辅助麻醉脑功能区手术术中唤醒麻醉效果进行比较、分析。方法：将我院2014年1月至2015年6月间收治的92例脑功能区手术患者作为研究对象，并通过随机分组法分为试验组（46例）及对照组（46例），其中试验组采取右美托咪啶进行麻醉唤醒，对照组采取依托咪酯进行麻醉唤醒，对比两组患者的唤醒时间、唤醒质量及不良反应状况。结果：试验组唤醒质量较对照组更优（P＜0．05）；试验组唤醒时间为（10．23±3．21）min，对照组唤醒时间为（10．89±3．54）min，两者比较无明显差异（P＞0．05）；试验组不良反应发生率为17．39％，对照组不良反应发生率为47．83％，试验组不良反应发生率要低于对照组（P＜0．05）。结论：相比于依托咪酯而言，右美托咪啶辅助麻醉脑功能区手术术中唤醒麻醉具有更好的效果，其唤醒质量更优且不良反应发生率更低，值得临床应用。