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吉密豆3号是为适应农业生产发展的间作需求，满足间作时保证粮食稳产或增产条件，收获与单作种植大豆相似产量为目的，于2004年以公交97132-1-1为母本、公交2003101为父本进行有性杂交，后经集团系谱法选育而成。吉密豆3号已通过2013年吉林省农作物品种审定委员会审定，审定编号为：吉审豆2013013。