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水产养殖生态系统是一个极为复杂的生态系统。在这个系统中，除了具有复杂的物质构成、物质存在形态和迁移变化外，还存在着复杂的生命活动。水产养殖生物作为存在于水体中的生命有机体，其存在和延续均直接或间接地依赖于水体中的物质循环和能量流动，同时又在不断地改变着周围水体中物质的状态。因此整个水产养殖过程就是在养殖生物和养殖生态环境的不断依存和矛盾中完成的。