基于优化的GBM算法识别金属离子配体结合残基

来源 :内蒙古工业大学学报:自然科学版 | 被引量 : 0次 | 上传用户:mythology_leonie
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金属离子配体具有体积小、灵活等特点,与蛋白质结合有着不同于其它配体的特殊性,因此准确的识别金属离子配体结合位点具有极强的挑战性.本文基于蛋白质的一级序列信息,选取了氨基酸及其物化特征、预测的二级结构信息为基础参数,利用离散增量算法和位置权重矩阵打分算法将这些高维特征投影至20维的向量空间并作为预测特征参数输入优化的GBM算法中,对10种金属离子配体结合残基进行了5交叉检验预测,得到了好于前人的预测结果.结果发现:每种金属离子配体偏好的优化参数不同,优化的GBM算法能给出最佳的预测结果.
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