【摘 要】
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目的研究青海高原鼠疫耶尔森菌（鼠疫菌）的CRISPR基因型（类群）及其地区分布。方法选取1954—2011年间青海高原境内各县/市从人鼠疫患者、宿主动物及媒介昆虫体内分离的鼠疫菌102株，采用传统的十二烷基磺酸钠裂解和苯酚-氯仿法提取鼠疫菌DNA。分别对YPa、YPb和YPc等3个CRISPR位点进行PCR扩增、测序，然后将所测得CRISPR序列与文献最新报道的CRISPR Dictionary和
【机 构】
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青海省地方病预防控制所青海省鼠疫防控及研究重点实验室,西宁,811602;
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目的 研究青海高原鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)的CRISPR基因型(类群)及其地区分布.方法 选取1954—2011年间青海高原境内各县/市从人鼠疫患者、宿主动物及媒介昆虫体内分离的鼠疫菌102株,采用传统的十二烷基磺酸钠裂解和苯酚-氯仿法提取鼠疫菌DNA.分别对YPa、YPb和YPc等3个CRISPR位点进行PCR扩增、测序,然后将所测得CRISPR序列与文献最新报道的CRISPR Dictionary和NCBI数据库检索比对,以鉴定CRISPR spacer阵列.最后根据CRISPR spacer阵列的多态性对青海高原鼠疫菌进行基因分型,并描绘其地区分布特征.结果 102株鼠疫菌共发现40种spacer,包括YPa 22种、YPb 13种、YPc 5种,其中有5种新spacer,分别为a1、a103、a104、b4和b4;Ypa、Ypb和Ypc分别鉴定出16、10和5种不同的spacer阵列,新发现的spacer阵列为11种.102株鼠疫菌可被分为24个基因型,共归为9大CRISPR类群,分别为Cb4、Cb4、Cb2、Ca37、Ca7、Ca7、CaΔ5、Ca35和Cc3,其中Ca7、Ca7、CaΔ5、Ca35呈现出显著的聚集性特征:Ca7主要分布在玉树、囊谦、称多、杂多、治多和曲麻莱;Ca7分布于循化、同仁、泽库、同德、玛沁和贵南;CaΔ5集中在祁连、刚察、门源、大通;Ca35分布在湟源、海晏、刚察、天峻、德令哈、乌兰、都兰、兴海、共和和贵德.结论 青海高原鼠疫菌CRISPR种群结构复杂,Ca7、Ca7、CaΔ5和Ca35是流行最普遍的主要种群,这些种群呈现显著的地区分布特征,可以利用CRISPR分型技术加强该地区鼠疫检测和防控工作.
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