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20世纪80年代，随着辽宁棉花种植面积大幅度减少，原辽宁棉麻研究所更名为辽宁省经济作物研究所，目的是增加经济作物研究，继续为农业发展提供科技支持。历届所班子为此付出了艰辛的努力，先后开展了甜叶菊、芦笋、山楂等作物的研究，但由于国家资金投入不足等诸多原因，一直到2004年，全所除棉花研究外，还是没有建立起直接服务农业的新的研究学科，而且所貌陈旧，科研条件落后，人、地资源也尚未发挥应有的作用。