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便秘是氯氮平常见的不良反应,发生率高达60%,作用机制尚不清楚,一般认为是药物的抗胆碱和抗组胺的联合作用,而且氯氮平的镇静作用导致患者容易久坐,不爱运动,改变了患者的生活方式,或许也是导致便秘发生的因素之一。2017年英国的药监机构发布了关于氯氮平有导致肠梗阻的致命危险警告。2020年1月28日,美国食品药品管理局(FDA)也对氯氮平引起严重便秘以及肠道的问题作出了警告。