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部门预算制度的改革具有增强预算资金分配上的民主性和科学性、增加收支透明度等优点,但在现行的部门预算管理改革中也遇到不少问题,如机构改革落后于部门预算管理改革、现有的预算分配权不适应部门预算管理改革、预算随意性较大、现行国库管理制度不适应能力部门预算管理等.针对这些问题提出了一些有针对性的措施,如加快机构改革,以适应部门预算改革;细化部门预算项目,实行标准化的定员定额管理;严格编审部门预算;建立预算编制、执行和监督相分离的预算管理机制;推行国库集中收会制度,以适应部门预算改革;政府采购,推行网络采购.