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农业科研机构自主创新能力的强弱，直接关乎国家农业科技进步水平和现代农业发展的方式，而农业科研机构自主创新能力是一个由多种能力子系统组合而成的复杂系统。立足系统科学和管理科学理论，分析了农业科研机构自主创新能力系统，构建了自主创新能力评价指标体系和评价模型，为进一步开展评价研究和管理奠定理论和方法基础。