中国数千年帝制，皇帝上衔天命、下御臣民，身居九五之尊，从来都是一言九鼎，似乎不受任何掣肘。实际上，皇帝并不是想做什么就做什么，有时还要看臣子的脸色。
　　万历登基时才九岁，从小就跟着首辅张居正，他的八个老师和侍讀都是张居正任命的。他的两位母亲受前朝首揆高拱胁迫，张居正献计除了高拱，此后两宫太后和万历都对张居正言听计从。
　　万历批臣子的奏折，都只会在张居正的“票拟”上批“如拟”或“知道了”。张居正的人事任命名单，万历都依惯例圈定排在第一的那个人。他知道自己贵为天子乃是天意，天意能否长久则在人和，要得人和就要慎选官吏，要慎选官吏只有信任张先生。
　　万历在张居正死后才真正尝到做皇帝的滋味。他刚做皇帝不久，就有反张派清算张居正，他们揭露张居正结党营私、生活奢靡等。在几个月内，万历的情绪陷于混乱，一方面对张居正尚有旧情，另一方面又想及自己做皇帝甚至被限制到没钱赏赐宫女，不得已将欠账写下以待有钱时清还，他的外祖父因缺钱要变卖公家物品牟利，因此被当众申斥。前后拖延两年，经不起廷臣多番施压，万历才籍没了张居正的家。
　　清除了张居正的影响，万历发觉自己并没真正掌权，在劝谏的名义之下，廷臣批评他奢侈懒惰、个人享乐至上……他越来越感到做皇帝单调而疲劳，他主持殿试时出的试题居然是“无为而治”。他下了道谕旨，说自己头昏脑涨，需要暂停早朝和出席经筵。一年后这种病症还没有痊愈的迹象，但廷臣听说他在禁城里策马驰骋，于是又劝他保重龙体、铭记职责。万历说自己火气过旺，服用凉药后足部奇痒行走不便，但廷臣又听说他饮酒过多、夜间游乐过度、与嫔妃交往过切。
　　给事邹元标上疏批评万历不能清心寡欲，万历批“知道了”，算是给了他面子。没想到邹元标又上疏说万历扯谎，有过不改，还说他没有君子风度。邹元标并不是孤胆英雄，敢于犯颜直谏的大有人在，有一本奏章上竞说，如果皇帝不肯接受他的意见，天下臣民必将视他为无道昏君，而列祖列宗也必将痛哭于九泉。万历刚批示此人语无伦次，应降级外调，马上又有人奏，说皇帝的朱批不合适，进谏的人是忠臣，不但不应降级，还应表扬奖励。
　　这些都算小事，更严重的是万历在立太子的问题上长期和廷臣针锋相对，相持不下。万历的长子是恭妃生的常洛，但他宠幸的郑妃生的却是常恂，按惯例，皇长子应为太子，但万历想让常恂接班。廷臣一再催促，万历却一拖就是十几年，直到死时太子人选也没定下。当然，最后还是常洛接了皇位，因为传统比皇帝长命。
　　让万历头痛的当然少不了海瑞。早在嘉靖朝，海瑞就向皇帝上过一个著名的奏疏，指责皇帝虚荣、残忍、自私、多疑和愚蠢，举凡官吏贪污、役重税多、宫廷浪费、盗匪滋炽等，他都应负责。奏疏中甚至说，百姓看不惯你已经很久了。
　　嘉靖龙颜震怒，连说：“抓住这个人，不要让他跑了！”但旁边一个宦官却跪奏：此人本就有痴名，据说他自知必死，在上奏前就买好棺材，召集家人诀别。嘉靖长叹一声，只好把海瑞的奏疏留中不发。后来，他还是找了个借口把海瑞抓起来准备处以绞刑，谁知没等到处死海瑞，自己先死了。到万历朝，海瑞复被起用，但“老毛病”还是不改。
　　海瑞的刚正不阿让很多同侪不满，他们上疏说海瑞以圣人自许，奚落孔孟，蔑视天子，要求万历严办。万历居然批示：海瑞麻烦多多，不过我还是原谅他了。又批吏部的建议，说：海瑞做官虽然不太行，但他的正直作风还是可以做人表率的。
　　做皇帝做到唾面白干，说他是涵养好呢，还是不得已委屈自己？
　　按理，君臣互相制衡有一定的合理性，但皇帝并不都能克制自己，廷臣也不是都敢冒死直谏，好皇帝碰上好廷臣，概率实在太低。