青花菜花蕾转录组测序分析及蜡粉合成相关基因挖掘

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【目的】对青花菜花蕾进行转录组测序分析,并挖掘与蜡粉合成相关基因,为探明青花菜花球表面蜡粉形成的分子机制提供理论参考。【方法】分别提取野生型和蜡粉缺失型青花菜花球总RNA,采用Illumina HiSeqTM 2500平台进行转录组测序,获得高质量Clean reads,采用Trinity软件进行序列组装后获得青花菜Unigene库。将获得的Unigene序列与NR、Nt、KEGG、Pfam、KOG/COG、Swiss-Prot、KO、GO数据库比对,获得基因功能注释信息;使用DESeq2软件进行差异表达分析。【结果】共获得44.68Gb Clean data,De novo组装得到41244条Unigenes,N50长度为1847bp。在Unigene中筛选出8685个DEGs(上调5747个、下调2938个),其中有8038个被注释到不同数据库;2580个DEGs被注释到75个转录因子家族中,注释最多的是MYB家族(235个);GO数据库中6095条DEGs注释到细胞组分、分子功能和生物学过程3大类52个功能组;KEGG数据库中,1671条DEGs定位到138个代谢通路分支,并注释到13个已知差异基因与脂肪酸合成相关通路有关,7个DEGs与蜡粉生物合成途径有关。【结论】转录因子MYB家族在调控青花菜蜡粉合成中扮演重要角色;蜡粉合成过程中相关酶基因的差异表达是调控青花菜蜡粉合成的关键;野生型和蜡粉缺失突变体中存在显著和极显著差异的特异性表达的DEGs,可作为下一步研究重点关注的对象。
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