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军事司法机关的组织机构,是国家刑事司法职能在军队得以实现的工具和保障。当前,我国的军事司法机关是在最高人民法院、最高人民检察院之下建立的列入军队建制序列的三级体制。但由于种种原因,当前的组织机构并不是十分完善。健全组织机构,须做到立法先行。立法完善军事司法机关的组织机构,应当从设立权限、设置层次、设立名称、设置方式和战时设置等五个方面入手。