【摘 要】
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目的筛选并验证卵巢上皮癌和肺腺癌顺铂耐药的共同差异基因并进行生物信息学分析。方法从基因表达数据库GEO中下载卵巢上皮癌和肺腺癌顺铂耐药芯片数据GSE33482和GSE108214,
【基金项目】
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国家自然科学基金资助项目(81473246),广东省教育部产学研结合项目(2012B091100465).
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目的筛选并验证卵巢上皮癌和肺腺癌顺铂耐药的共同差异基因并进行生物信息学分析。方法从基因表达数据库GEO中下载卵巢上皮癌和肺腺癌顺铂耐药芯片数据GSE33482和GSE108214,用R语言软件筛选差异基因并分析得到共同差异基因。运用Metascape进行富集,运用STRING构建蛋白互作网络并使用Cytoscape筛选关键基因。运用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证关键基因的mRNA表达水平。运用Kaplan-Meier Plotter绘制关键基因的生存曲线。结果筛选得到295个表达上调和176个表达下调的共同差异基因。共同差异基因主要富集于细胞损伤修复、辅助性T淋巴细胞17(Th17)细胞分化、磷脂酰肌醇-3-激酶/丝苏氨酸蛋白激酶(PI3K-Akt)信号通路、细胞黏附、轴突导向和细胞因子间受体相互作用。蛋白互作网络筛选得到10个关键差异基因,qRT-PCR结果显示除HSPB1外其余9个关键基因表达情况与芯片结果一致。生存曲线显示GNG4和PRKCA基因的高表达导致卵巢癌和肺腺癌患者的生存率均明显降低。结论GNG4和PRKCA基因的表达与卵巢上皮癌及肺腺癌细胞顺铂耐药及患者的总生存率均密切相关,有望成为逆转顺铂耐药和改善患者预后的生物学新靶标。
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