2008年中国实施的内外资企业所得税合并结束了二元税制结构。这一税制变革保障了税则的公平性,其中有关企业研究开发投入的变化对企业创新活动产生什么样的影响,是这次税收规则变化的另一重要内容,其效果如何需要进行专门的研究与评估。本文基于偏向技术进步的理论框架构建两税合并与外资企业创新效率模型,采用倍差法实证考察了两税合并对外资企业创新效率的影响效果,在通过多种方法对分析结果进行了稳健性检验之后,我们发现:2005—2012年间中国制造业外资企业的创新效率整体处于上升趋势,但由于两税合并政策的实施,2008年外资企业创新效率出现增长加快的现象;政策的边际影响时滞微乎其微;同行业内资部门的份额越大,两税合并引致的外资企业创新效率提升越明显。两税合并政策不但有助于内资企业学习更多的先进技术,提升企业的竞争力,也有助于提升外资企业的创新动力。