[目的]本文旨在挖掘土壤环境宏基因组（environmental DNA，eDNA）中的II型聚酮化合物酮基合成酶基因(ketosynthase alpha, KS_α)，并依据获得的KS_α基因与化合物结构的关系初步预测其所在基因簇可能合成的II型聚酮化合物种类。[方法]利用II型聚酮合酶基因KS_α保守区域设计简并引物筛选珠穆朗玛峰及峨眉山土壤宏基因组文库，对筛选得到的KS_α基因片段进行测序，并与已知II型聚酮化合物化合物KS_α基因、孢子色素基因构建Neighbor-joining系统发生树，大肠杆菌的fabB基因作为系统发生树的外群。[结果]总共筛选得到28个珠峰文库来源的KS_α基因，11个峨眉山文库来源的KS_α基因。将这些KS_α序列与34种编码已知II型聚酮化合物KS_α基因和5种聚酮化合物孢子色素KS_α基因的氨基酸序列构建系统发生树，显示eDNA来源的KS_α基因许多与已知聚酮化合物的KS_α基因相似性较低，并且除在不同II型聚酮结构类型对应的KS_α基因分支中均有分布外，有些eDNA来源KS_α基因在系统发生树中形成了独立的一个分支。[结论]利用宏基因组学方法可以获得新的聚酮生物合成基因，同时在同源分析的基础上对聚酮化合物的结构进行分析，预测合成新结构聚酮化合物的潜力，为更有效的挖掘新型聚酮化合物奠定基础。