为研究环鄱阳湖地区禽流感病毒(AIVs)的流行情况,本研究于2014~2017年在环鄱阳湖地区家禽相关环境中开展AIVs监测,通过病毒分离和二代测序共获得211株H3亚型AIVs,占所有流感毒株的11.9%。其中包括97株H3N2(46.0%),22株H3N8(10.4%),11株H3N6(5.2%),5株H3N3(2.4%),2株H3N1(0.9%)以及74株H3与其他亚型的混合毒株(35.1%)。病毒来源以活禽市场为主(94.3%)。2017年5月,在环鄱阳湖地区首次分离到H3N1亚型禽流感病毒,也是2003年以后再次在中国分离到该亚型AIVs。对病毒HA和NA基因进化分析显示环鄱阳湖地区有多个分支的H3亚型AIVs共同流行,除16株H3N8的NA基因聚集在北美谱系,其他的病毒均属于欧亚谱系。HA裂解位点氨基酸序列提示病毒属于低致病性禽流感病毒(LPAIVs),但是PB1片段编码全长的PB1-F2蛋白,并且有10株病毒发生N66S突变,提示病毒对哺乳动物宿主致病性增加。另外,两株病毒M2蛋白S31N突变,提示病毒对金刚烷胺类药物产生耐药性。本研究为H3亚型禽流感病毒的风险评估提供了科学依据,需要持续加强监测,为各亚型禽流感病毒的预测预警和风险评估提供依据。