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新型农村合作医疗的核心评价指标,包括参合率、收益率与受益面、住院率与次均住院费用增长率、基金结余率等,但这些指标在实际运用中存在着问题.应从以下方面完善这些评价指标：准确计算参合率的指标值,关注参合绝对数；采用实际补偿比指标,建立非补偿费用占农民人均纯收入的比重指标;采取趋势评价方法,关注中长期的住院率与费用的变化；坚持年度结余率,完善历年滚存结余率指标.