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为了解大口黑鲈(Micropterus salmoides)的种质资源遗传背景,采用11个微卫星位点研究了大口黑鲈原种(加州原种)、从台湾省引进的台湾选育种(台湾加州鲈)和大陆本土化的养殖种(优鲈1号)的遗传多样性及遗传结构.结果显示:加州原种的等位基因数和有效等位基因数显著高于优鲈1号和台湾加州鲈;其中,加州原种的5个位点的观察杂合度和期望杂合度显著高于优鲈1号和台湾加州鲈,而后两者类似.从多态信息含量来看,加州原种群体中有11个位点处于高度多态水平,优鲈1号群体和台湾加州鲈群体分别有6和4个位点处于高度多态水平.在遗传平衡检验中发现:台湾加州鲈群体中偏离哈代-温伯格平衡的位点较多(P<0.05),而加州原种存在3个连锁座位对的连锁不平衡状态(P<0.05).在双相突变模型中,无论是WILCOXON检验还是符号检验,加州原种群体均处于突变-漂移不平衡状态.分子方差分析(analysis of molecular variance,AMOVA)发现:大口黑鲈群体中15.57％的遗传变异来自群体间,25.05％的遗传变异来自群体内个体间,59.38％的遗传变异来自个体间(P<0.01).聚类分析发现:加州原种和优鲈1号之间的遗传距离最大,其次为加州原种和台湾加州鲈之间的遗传距离.当K为2时,加州原种与优鲈1号、台湾加州鲈的遗传结构有明显的差异.对个体的种群鉴定发现:加州原种群体被误判的比例最低,其次是优鲈1号,最后是台湾加州鲈.在判别准确率为85.00％的水平上,加州原种被判别正确的概率是67.70％,优鲈1号是53.30％,台湾加州鲈是20.00％.从遗传多样性、遗传距离、平衡分析均发现,加州原种多态性高,遗传距离较另外2个群体较远,并可能存在过遗传瓶颈,聚类和个体的种群鉴定进一步证明了此观点.这提示从美国引进的大口黑鲈原种应该扩群保种并系统地进行育种开发工作.