职务犯罪案件适用认罪认罚从宽制度具有相对特殊性,因其政治敏感性更强,公众更关注,社会影响更大;而且调查机关系政治机关,不是一般意义上的侦查机关,犯罪人系公职人员。职务犯罪案件适用认罪认罚从宽制度具有正当性价值,但目前面临反腐从严与适用从宽存在价值冲突、适用率相对较低、监检法衔接机制尚不完善、被告人适用认罪认罚从宽判处后又上诉如何处理、从宽建议尤其要接受法律和社会的双重考量等困境与挑战。对此,应准确把握反腐从严与认罪认罚适用从宽的辩证关系和平衡点,进一步完善监检法衔接机制,制定职务犯罪案件量刑规则及职务犯罪认罪认罚从宽适用指导意见,检察机关提起公诉后监委出具从宽处罚建议函,被告人认罪认罚的,可采取庭前会议的方式启动程序;对被告人适用认罪认罚从宽判处后被告人又上诉的,可根据具体情形予以抗诉。