内转录间隔区(ITS)序列分析技术对丝状真菌临床分离株鉴定能力的评估

来源 :中华微生物学和免疫学杂志 | 被引量 : 0次 | 上传用户:xilotola
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的

评价内转录间隔区(ITS)序列分析技术对丝状真菌临床分离株的鉴定能力。

方法

对267株丝状真菌临床分离株进行ITS序列测定,经与GenBank联合MycoBank数据库进行序列同源性比对获得其菌种信息。

结果

全部菌株均成功获得ITS序列。ITS可将53.9% (144/267)受试丝状真菌鉴定至种水平,44.2% (118/267)鉴定至属水平,5株菌因其ITS序列在不同菌属间均有>95%相似度而无法鉴定。

结论

ITS序列分析技术对丝状真菌临床分离株鉴定能力尚可,但因其通用性良好可作为丝状真菌属水平鉴定的优先检测基因。对于进一步的种水平鉴定,则应结合具体情况选用其他功能性基因片段。

其他文献
期刊
期刊
期刊
期刊
期刊
期刊
目的了解无荚膜型流感嗜血杆菌(NTHi)临床菌株中Hap黏附素编码基因(hap)分布及其序列保守性,筛选并鉴定Hap蛋白优势T和B细胞(T-B)联合抗原表位及其免疫原性。方法采用生物信息学软件分析NTHi菌株hap基因序列保守性并预测其T-B联合抗原表位。采用PCR扩增NTHi临床菌株hap基因5′端156 bp和3′端855 bp片段(hap-5′-156和hap-3′-855)后测序。构建Ha
期刊
目的了解青岛市2014—2016年聚集性腹泻病例中诺如病毒(norovirus, NoV)的分子流行病学特征。方法收集2014年1月至2016年12月间青岛市聚集性NoV腹泻病例粪便标本,real-time RT-PCR进行NoV检测,应用RT-PCR扩增NoV ORF1和ORF2部分基因片段,并进行序列测定和系统进化分析。结果共报告23起聚集性NoV疫情,粪便标本260份,NoV阳性128份,其