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现行《税收征管法》未能妥当区分税收核定规则与税基调整规则,使本属于后者的明显偏低条款被误置于前者项下,在降低税务机关证明难度的同时,却使纳税人承担了额外协力义务。司法机关亦混淆了两类规则,未能给纳税人提供充分救济。两类规则在基本性质、调整方法和法律后果方面存在区别,其根源是纳税人履行协力义务的情况不同。为改进征管实践,建议税务机关在适用税基调整规则时提高证明标准、减轻纳税人不当承担的协力义务,司法机关则应破除对税收规范性文件的依赖,强化税基调整的司法审查。根本性的治理之道则是修改《税收征管法》的相关条款,使明显偏低条款回归税基调整规则,进而构建明确的证明责任分配规则。