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碱基的互变异构是指碱基中的酮基或氨基发生酮式-烯醇式或者氨基-亚氨基的结构互变,在作为模板时可引起互补碱基的改变。而阴离子碱基即带有一个负电荷的碱基,在碱基互补配对过程中也可导致错配。杜克大学医学中心生物化学系的Isaac J.Kimsey等围绕碱基的互变异构以及阴离子碱基对DNA和RNA结构的影响进行了详细的研究。