【摘 要】
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多序列比对被称为NP完全问题,是生物信息中最基本的问题之一。目前,广泛使用剖面隐马尔可夫模型解决多序列比对问题。作者在粒子群优化算法的基础上,提出了将量子粒子群优化
【机 构】
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江南大学信息工程学院,江南大学教育学院
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多序列比对被称为NP完全问题,是生物信息中最基本的问题之一。目前,广泛使用剖面隐马尔可夫模型解决多序列比对问题。作者在粒子群优化算法的基础上,提出了将量子粒子群优化算法用于剖面隐马尔可夫模型的训练过程,进而构建了一种基于剖面隐马氏模型和量子粒子群优化算法的多序列比对算法。从核酸序列和BaliBASE比对数据库中选取了一些比对例子进行了模拟实验,并与其他算法进行了比较,结果表明,所提出的算法能在有限的时间内不仅能找到理想的隐隐马尔可夫模型,而且能得到最优的比对结果。
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