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虽然根瘤菌能为作物提供氮营养,但豆科作物生长的早期,根瘤菌发挥作用之前,还应根据土壤肥力适量为作物补充氮肥。当豆科植物转入生殖阶段后,大量的同化物质向籽实积累,此时根瘤衰败,固氮作用减弱。此外,磷有利于根瘤的发育和提高根瘤的固氮能力,所以要重视施用磷肥。适量的钾、钙营养有利于微生物的大量繁殖。低pH条件下加入Ca~（2＋）可使苜蓿结瘤提前,结瘤率提高。