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通过对PE文件的结构分析，结合其自身特点，提出软件水印算法模型。通过在PE文件添加新节，嵌入执行控制代码，从PE文件自身特征提取，形成唯一标识软件版权的水印信息，然后对水印信息进行加密、分割并根据设计的组合表将水印信息分段嵌入到各节的冗余空间中，再对特定部分进行摘要提取，进一步实现PE文件的完整性验证。仿真表明，算法对于软件版权具有很好的保护作用。