以五年生人参根组织为试验材料,克隆得到人参法尼基焦磷酸合成酶(FPS)基因。通过生物信息技术对其氨基酸序列进行比对,使用MEGA5.1构建人参与相关物种的FPS系统进化树,运用实时荧光定量PCR方法检测FPS基因在不同生长时期的表达量,用高效液相色谱法测定根中8种单体皂苷含量,进行相关性分析。结果显示:人参FPS基因c DNA大小为1 134 bp,含有一个开放阅读框,编码342个氨基酸。FPS编码蛋白相对分子质量为39 567,等电点为5.83,不含信号肽,无跨膜区。二级结构中主要为α-螺旋,占58.19%。同源性分析显示,FPS基因与西洋参(ADJ68004)、三七(AGS79228)核苷酸序列相似性为99%。实时荧光定量PCR结果显示,FPS基因在人参各生长时期中,以展叶期表达量最高。相关性分析表明,FPS基因的表达与Rb3含量显著正相关(P<0.05),与三醇型皂苷含量呈正相关,但相关性不显著。