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微生物污染是水质污染的主要原因之一，常用某些与病原微生物有密切关系的微生物的含量来反映水体中病原微生物存在的可能性。水体中病原微生物污染主要来自人畜粪便。因而常选用存在于人体和哺乳动物肠道中的微生物如大肠菌群作为水质污染指示菌。利用指示菌反映水质污染状况具有快速、灵敏的优点。测定大肠菌群含量常用多管发酵法和滤膜法。