[目的]本研究对油菜花期的东方蜜蜂Apis cerana、西方蜜蜂Apis mellifera蜜囊细菌进行分离培养及分子鉴定,通过序列比对及系统发育树分析彼此间的多样性差异和来源,为蜂群饲养管理过程中细菌的控制和应用提供理论依据.[方法]对东、西方蜜蜂蜜囊细菌进行分离、纯化培养;并对分离菌株的16S rDNA基因片段进行扩增和测序,序列比对后进行系统发育分析.[结果]蜜囊中解淀粉芽孢杆菌Bacillus amyloliquefaciens占总菌数的百分比为69.81％～95.97％,P值在0.007～0.009之间,显著高于其它细菌占总菌数百分比(4.03％～30.19％),是优势菌;275株培养特征和表现型不同的菌株共有9种不同的单倍型菌株,通过比对其相似度>99％;其中16株细菌16S rDNA基因序列已提交GenBank数据库,登录号:kf710012～kf710033;东方蜜蜂蜜囊细菌包括2个属中的5个种,西方蜜蜂蜜囊细菌包括5个属中的7个种,花蜜中细菌包括2个属中的2个种;系统发育树分析表明,簇I和簇Ⅱ分别与参考菌株EF565944、EF565939和EF565936属同一种;未分离到参考簇V;簇Ⅲ、簇Ⅳ、簇Ⅵ、簇Ⅶ这4个属的蜜囊细菌是首次报道并提交GenBank.[结论]东、西方蜜蜂蜜囊细菌除了共有的优势菌解淀粉芽孢杆菌,细菌多样性有明显的差异;与国外蜜蜂蜜囊研究存在地理差异;解淀粉芽孢杆菌可以作为蜂粮的添加剂,提高蜜蜂抗病性.