目的构建应用于遗传性疾病诊断的基因组二代测序数据分析流程,为候选变异筛选提供参考流程。方法复旦大学附属儿科医院(我院)新生儿出生缺陷生物样本库中的87例多发畸形样本,以美国贝勒外显子组测序分析流程(贝勒流程)为参考标准进行候选变异筛选,同一批样本以我院建立的全外显子组测序分析流程(复旦流程)也行候选变异筛选,以染色体的位置和突变的碱基作为突变位点的标识符对贝勒和复旦流程检出变异逐行比较。结果 87例新生儿多发畸形样本共检出变异7 820 777个,复旦流程经质量控制、公共数据库的变异频率筛选、内部数据库的变异频率筛选、变异类型的筛选和关注与孟德尔遗传病相关的变异数筛选,平均单个病例180~210个变异作为最终候选变异行临床诊断分析;贝勒流程检出候选变异15 242个,复旦流程检出候选变异15 660个,2个流程均检出候选变异15 137个,复旦流程比贝勒流程多检出的候选变异523个,105个候选变异贝勒流程检出复旦流程未检出,复旦流程敏感度、特异度、阳性预测值和阴性预测值均高于96.66%。结论虽然复旦流程候选变异筛选能真实有效地模拟贝勒流程对WES数据进行筛选,并寻找候选变异的过程;复旦流程所展现的注释和筛选只是粗略的框架,但提供了WES应用于临床时不可或缺的筛选程序。