【研究目的】南疆地区是我国重要的能源矿产基地和诸多国家战略的核心区。该区地处干旱区，水资源短缺是制约社会经济发展和生态环境保护修复的主要因素，查明水资源开发利用中的问题，提出针对性的对策建议是实现水资源可持续利用与环境保护的重要保障。【研究方法】通过系统收集分析前人已有成果，从南疆地区的水资源开发利用现状、存在的问题与对策建议三个方面进行论述。【研究结果】南疆地区的水资源主要形成于山区，山区的降水和冰雪融水是河流的主要补给源。河流出山后，地表水与地下水频繁转化，最终以蒸散发的形式消亡于流域下游。南疆地区多年平均水资源451亿m3，其中地表水资源量432亿m3，地下水资源量268亿m3，重复量249亿m3。近年的开发利用量已达327亿m3，开发利用程度超过70%，远超过水资源开发利用的警戒线，总体上已处于过度开发状态。南疆地区的地表水水质总体较好，优于Ⅲ类水的地表水占94.0%。地下水的水质从山前倾斜平原向盆地腹部，浅层地下水水质逐渐变差，由Ⅰ-Ⅲ 类转变成Ⅳ-Ⅴ类地下水（高矿化度水），部分地区常规水化学、有机物含量等超标。水资源开发利用中的主要问题有水资源利用效率和效益偏低、水资源不合理开发利用造成土壤盐渍化和沙漠化等环境问题、生态需水量的估算存在较大不确定性以及气候变化对水资源的影响研究不足等。【结论】针对以上问题，应大力发展节水农业及提高咸水的资源化利用程度，统筹上、中、下游的水资源调度，优化水资源在生活、生态、生产之间的配置，加强南疆地区气候变化对水资源的影响研究以及生态需水量研究。