目的初步建立医院和科室两级综合评价指标体系,并探讨综合评价方法。方法利用5所军队医院2006年的统计、经济管理和财务数据,采用德尔菲法、离散趋势描述法、多元相关分析法、因子分析法、逐步回归法进行指标的筛选,使用系统聚类法进行指标的验证,运用灰色关联分析法和Topsis法对两级指标进行尝试性评价。结果我们分别从经营状况、资源消耗、医疗质量、效率水平、发展创新、为兵服务6个方面确立了医院层面评价指标体系,包括26项二级指标;并从科室建设发展的实际需要出发,在临床和医技科室两个层面确立了科室综合评价指标体系,包括11项临床科室指标,医技科室根据其特色分别设立评价指标。医院层面采用灰色关联分析法进行评价,科室层面采用Topsis法进行评价。结论完善院科两级综合评价体系和综合评价方法,可为军队医院管理提供决策依据。