建立稳定、可靠的金钱草ISSR-PCR反应体系,为金钱草遗传多样性分析、优良品种选育、药材分子鉴定奠定基础。该研究在7水平单因素实验的基础上,采用L16(45)正交试验设计,应用SPSS 19.0进行方差分析,对影响反应体系的5个主要因素在4个水平上进行优化。利用优化的反应体系,筛选引物最适退火温度,以23份不同产地金钱草材料检测体系稳定性。结果显示模板DNA,引物,dNTP,Mg2+,Taq酶5个因素对金钱草ISSR-PCR反应结果均有极显著影响,影响大小依次为引物>Taq酶>模板DNA>Mg2+>dNTP,确定最优反应体系为总体积25μL,模板DNA 60 ng,引物0.3μmol·L-1,dNTP 0.2mmol·L-1,Mg2+1.8 mmol·L-1,Taq酶1.25 U。经不同产地样品检测,该优化体系稳定、可靠。该研究为其他物种ISSRPCR体系的优化提供参考。