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大学内部治理主要指大学内部不同权力实体的权力与责任划分及运行过程中相互协作的制度设计和安排。随着我国一流大学和一流学科建设的不断深入，大学内部治理遇到了亟待突破的八大困境：大学内部治理结构的认知困境、大学由人治到法治的转变困境、大学内部学术权力与行政权力的平衡困境、大学内部治理制度的落实困境、大学内部治理机构的重建困境、大学内部治理主体的确权困境、大学内部治理部门的运行困境和大学内部治理成效的监督困境。