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盐城工学院学科建设办公室与研究生培养处合署办公。主要负责全校的学科建设、研究生教育和管理工作，部门下设学科建设科和研究生工作科。学校坚持有重点、分层次推进学科建设，现有机械工程、化学工程与技术、材料科学与工程、生物工程等4个省重点建设一级学科，有工商管理、环境科学与工程、上木工程等3个校级重点学科，有新能源科学与技术、纺织科学与工程、水产养殖、