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原核生物中的小RNA（small RNA，sRNA）长度通常在50—250nt之间，一般在细胞内不被翻译，对基因转录后水平的调控发挥着关键作用。最初在大肠杆菌中发现，通过计算机预测和实验技术分析，查明的种类现已近140种，其作用机制包括；与目标mRNA的翻译起始位点或前导链结合分别抑制或促进翻译；或者模拟其他核酸的二级结构，去除mRNA结合蛋白对翻译的阻抑作用，促进翻译。此外，在转录水平上，SRNA还能模拟开放的启动子结构与RNA聚合酶结合阻止转录。