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以丙二腈、甲醇为起始原料,首先合成了1,3-二甲氧基丙二亚胺二盐酸盐,然后经碱中和得到1,3-二甲氧基丙二亚胺单盐酸盐,再与单氰胺反应得到3-氨基-3-甲氧基-N-氰基-2-丙脒,最后在甲醇中回流闭环得到目标产物2-氨基-4,6-二甲氧基嘧啶。产品含量大于99.0%,总收率80.9%。该工艺原料易得、条件温和、操作简单、适合工业化生产。