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肿瘤发生、发展的分子生物学本质是细胞内遗传调控和表观遗传调控（epigenetic regulation）的紊乱。国内外对基因组所携带的遗传信息与疾病的关系已有深入的研究。相对而言，染色质所携带的表观遗传信息在疾病发生、发展中的重要作用才刚刚开始被认识。影响基因转录活性而不涉及DNA序列改变的基因表达调控方式称为表观遗传调控，其分子基础是DNA甲基化以及染色质的化学修饰和物理重塑。大量的临床和基础研究结果表明环境因素在肿瘤发生、发展中有巨大的影响，而表观遗传调控在遗传因素和环境因素的互动关系中起着桥梁的作用。以DNA上CpG岛甲基化所代表的细胞表观遗传信息经常在肿瘤细胞中发生改变，如果甲基化发生在抑癌基因的启动子区，则抑癌基因表达沉默，细胞出现无节制的生长，导致肿瘤的发生。DNA甲基化作为肿瘤“二次打击”经典假说的重要补充，已经成为新的研究热点之一。