【摘 要】
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针对生物信息学领域中种系发生树构建这一重要课题的需要,利用DNA碱基序列的频度混沌游走表示法,提出一种碱基序列自重复性的度量和一种序列间相关性的度量,并由此出发,提出了一种新的以此种相关性为依据的聚类方法。利用这样的方法,通过GenBank中获取的线粒体DNA数据构建了一棵包含20个物种的种系发生树。实验结果验证了新提出的度量方法以及聚类方法在种系发生树构建问题上的有效性。此外,由于这种方法使用碱
【机 构】
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福州大学数学与计算机科学学院,香港理工大学工业与系统工程学系
【基金项目】
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国家自然科学基金资助项目（41076059）, 福建省自然科学基金计划项目（2012J05114）, 福建省科技创新平台计划项目（2009J1007）
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针对生物信息学领域中种系发生树构建这一重要课题的需要,利用DNA碱基序列的频度混沌游走表示法,提出一种碱基序列自重复性的度量和一种序列间相关性的度量,并由此出发,提出了一种新的以此种相关性为依据的聚类方法。利用这样的方法,通过GenBank中获取的线粒体DNA数据构建了一棵包含20个物种的种系发生树。实验结果验证了新提出的度量方法以及聚类方法在种系发生树构建问题上的有效性。此外,由于这种方法使用碱基序列的图形表示法,而非传统的串形表示法,避免了建树过程中序列间联配的步骤。
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