目的以新冠肺炎为例，基于《瘟疫论》理论，从“湿疫咳”角度探讨新冠肺炎病因病机及中医诊治策略。方法钻研经典，结合临证经验，分析湿浊、疫疠毒邪伏膜原与新冠肺炎的关系。结果以湿浊为特性的疫疠毒邪是新冠肺炎的关键病因之一，患者多有湿证表现（风湿、寒湿、湿热），疫毒遏湿致病特性、邪伏膜原（主要损及肺脾二经）与新冠肺炎相关。治疗当祛湿辟秽法贯穿防治始终，祛邪宜快务尽，重视透达膜原方法，以期截断扭转；病位在肺，当顺应肺的生理特性，及时清理继发病理产物；恢复期注重调理肺、脾、肾。所举医案，具体诠释了上述辨证思路和治疗经验。结论疫毒湿邪在新冠肺炎进展中起重要作用，重视把握邪伏膜原的关键时机与疾病的转归预后密切相关。从病名、病因、病机、病位、治法层面探讨可加深对“湿疫咳”与新冠肺炎本质的理解，对于中医学临床防治疫病具有重要指导意义。