基于生物信息学分析的肝癌核心基因的筛选及验证

来源 :基因组学与应用生物学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:moreee
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本研究基于GEO数据库,选取由慢性乙型肝炎诱导的肝细胞癌芯片数据GSE121248为研究对象,利用GEO2R软件分析数据,筛选出差异表达基因,利用DAVID数据库进行GO分析和KEGG pathway富集分析.利用STRING数据库构建PPI网络,分析筛选核心基因.利用GEPIA对核心基因的表达进行验证,Kaplan Meier Plotter在线分析工具对核心基因与患者生存情况的相关性进行验证.通过上述方法筛选出309个DEGs,其中上调基因94个,下调基因215个.差异基因功能分析显示上调的DEGs主要参与细胞周期和卵母细胞减数分裂通路等途径,下调的DEGs则在补体和凝血级联、代谢途径以及咖啡因代谢途径富集.筛选出15个具有高度关联性的核心基因(BUB1,BUB1B,BIRC5,CCNB1,CCNB2,CDC20,CDK1,KIF-20A,MAD2L1,NCAPG,ZWINT,PBK,BTL,TTK和NUSAP1),它们与肝癌患者的总体生存率具有明显相关性,并为其构建了miRNA调控网络.本研究通过生物信息学方法有效分析了肝细胞癌发生、发展相关的差异表达基因,筛选出15个核心基因,分析其生物学相关功能,以期探索肝细胞癌发病机制,并为临床诊断标志物的改进以及筛选提供一定的理论基础.
其他文献
细菌人工染色体(BAC)最多可克隆300 kb的DNA片段且遗传特性稳定,是目前常用的克隆载体.但如何高效提取BAC装载的大基因及其大基因操作等方面还需不断的摸索完善.本研究采用超大基因质粒提取法从BAC中提取出165 kb的大基因,经Nanodrop测定浓度、酶切、脉冲场电泳,表明获得目标基因;将获得的大基因质粒转染猪胎儿成纤维细胞,经抗性筛选,获得细胞克隆;克隆细胞经PCR检测,证明大基因质粒被完整地导入猪胎儿成纤维细胞.本研究为构建细菌人工染色体提够基础数据.