1940年，马寅初在重庆大学任经济学教授。他在给陆军大学将官班讲解抗战财政问题时说：“抗战是中华民族生死存亡的关头，全国上下都应该有钱出钱，有力出力，同心同德，共赴国难。但现在有些奇怪，‘下等人’出力，‘中等人’出钱，‘上等人’既不出钱，又不出力，囤积居奇大发国难财。还有一种“上上等人”依靠权势，利用国家经济机密从事外汇投机，大发超级国难财。这种猪狗不如的“上上等人”就是孔祥熙和宋子文之流……必须把孔祥熙、宋子文撤职，把他们不义的家财拿出来充作抗战经费。”马寅初此言一出，迅速在社会上引起轩然大波，宋蔼龄、宋美龄等人向蒋介石施加影响，要求对马寅初进行严厉处置。但马寅初不为所动，继续频繁发表文章与演讲，揭露体制的腐败，痛斥孔、宋之流的无耻与贪婪，让国民党当局非常头痛。
　　马寅初是著名经济学家，声望很高，蒋介石也不敢拿他怎么样。蒋介石召见重庆大学校长叶元龙，大发脾气：“你真糊涂，怎么可以请马寅初当院长？你知道他在外边骂行政院长孔祥熙吗？他骂的话全是无稽之谈！他骂孔祥熙就是骂我。”最后，蒋介石说：“下星期四你陪他到我这儿来，我要当面跟他谈谈。他是长辈，又是同乡，总要以大局为重！”叶元龙心怀忐忑，将蒋介石的话转述给马寅初，还说蒋委员长待你不薄，很尊重你，并没有得罪你云云。马寅初回答道：“不错，他没有得罪我，但他得罪了全国人民。他是我的学生，学生应当来看老师，哪有老师去看学生的道理！他如果有话说，就叫他来看我！”马寅初讲话真是一针见血，蒋介石的确没有得罪马寅初，但是他得罪了这片土地的人民，他否定人民，践踏人民，不把人当人，最后必然成为独夫民贼，成为人民公敌。而马寅初作为人民的一份子，当然义愤填膺了。蒋介石知道马寅初的态度后非常尴尬，只好悻悻地对叶元龙说，他只是想跟马寅初谈谈经济问题而已，何苦如此咄咄逼人呢。
　　此后，马寅初态度更为坚决，言辞更为激烈。他在重庆市实验剧院演讲时说：“有人说蒋委员长领导抗战，可以称民族英雄，但我认为他不够资格。因为他不能法办孔祥熙、宋子文，因为他包庇亲戚和家族，危害国家和民族。所以，要说英雄，蒋介石也是一个英雄，不过他并非‘民族英雄’，而是‘家族英雄’。”在蒋介石的眼皮底下以如此辛辣的言辞抨击蒋，除了马寅初，恐无第二人。在常人看来，以如此语言炮轰蒋介石，完全可能招来杀身之祸。但马寅初不为所动，照样我行我素，颇有将生死置之度外之意。
　　1940年12月，蒋介石命令手下秘密关押马寅初，直到1944年冬马寅初才恢复自由，但仍被实行“三不准”：不准任公职，不准演讲，不准发表文章。但这些限制岂能束缚马寅初？不论在公私场合，他仍然面对公众侃侃而谈，针砭时弊，让当局无可奈何。
　　在事关国家民族利益的大是大非面前，马寅初的头脑异常清醒，从来不愿跟随统治者的指挥棒起舞。其铮铮铁骨体现出了士人的担当，堪称一代楷模，令人肃然起敬。