2006年6月,在上海市崇明岛潮间带设置21个断面,进行了大型底栖动物定量定性采样调查。采集到大型底栖动物63种,其中甲壳动物29种,占总种数的46.03%;软体动物20种,占31.75%;环节动物10种,占15.87%;底栖鱼类2种;其它2种。优势种为无齿相手蟹、天津厚蟹、谭氏泥蟹、中华拟蟹守螺、堇拟沼螺、绯拟沼螺、光滑狭口螺和丝异蚓虫。大型底栖动物总平均丰度为138.28ind/m2,平均生物量为79.11g/m2。系统聚类分析和MDS分析结果基本吻合,可以把21个断面分为3组,崇明北部断面群、崇明东部断面群和崇明南部(含西部)断面群。Shannon-Weiner指数H′=1.85±0.528(范围0.946~2.783),Pielou均匀度指数J=0.306±0.098(范围0.142~0.489),Simpson优势度指数D=0.622±0.141(范围0.303~0.797)。底栖动物的种类组成、丰度、生物量、多样性指数在各断面的差异主要与盐度分布、底质及人为干扰有关。与同期的历史资料相比,底栖动物总物种数变化不大,但种类组成有所变化;优势种有所变化;丰度和生物量均有所下降;多样性指数近年来变化不大。围垦减缓使崇明潮间带底栖动物多样性有所恢复,但在人为干扰和其他因素综合影响下,原为优势种的河蚬、彩虹明樱蛤、麂眼螺、小头虫和疣吻沙蚕等的密度下降,已不再是优势种。