【摘 要】
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目的:获得川明参转录组信息,探索川明参多糖和黄酮类化合物生物合成途径相关的基因,开发高效的SSR分子标记。方法:利用Illumina HiSeq2500高通量测序对川明参全株进行转录组
【机 构】
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四川省农业科学院经济作物育种栽培研究所; 四川师范大学生命科学学院; 四川农业大学水稻研究所;
【基金项目】
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四川省财政创新提升工程(2016TSCY-001);国家中药材产业技术体系(CARS-21-21);四川省科技创新苗子工程(2017079)
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目的:获得川明参转录组信息,探索川明参多糖和黄酮类化合物生物合成途径相关的基因,开发高效的SSR分子标记。方法:利用Illumina HiSeq2500高通量测序对川明参全株进行转录组测序,经CAP3软件拼接组装后获得Unigenes,然后进行生物信息学分析。结果:获得了46 576 691条clean reads。从头组装产生了64 984条Unigenes。通过Blastx比对分析显示,比对到Uniprot数据库的Unigene有35 604条(54.8%),Nr数据库有35 591(54.8%)条,GO数据库有18 291条(28.20%),COG数据库有19 950条(30.70%)。8 141条Unigenes(12.50%)映射到242条代谢通路,其中,58个Unigenes参与黄酮类化合物的生物合成,128个Unigenes参与川明参多糖的生物合成,共编码了28种不同的酶。此外检测到18 271个SSR位点,设计SSR引物842对,选择30对引物用于36份川明参样品的遗传多样性分析,13对引物能在36份样品中成功扩增出条带。结论:川明参转录组数据为探索川明参次生代谢产物的生物合成机制提供了重要的参考,也为川明参的遗传多样性研究和分子标记辅助育种提供了依据。
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