目的 对1例广州本地感染新型冠状病毒肺炎(COVID-19)确诊病例样本进行病毒分离、鉴定.方法 将确诊病例的咽拭子样本接种Vero E6细胞,每日观察细胞病变,用荧光RT-PCR检测新型冠状病毒(SARS-CoV-2)核酸,全基因组测序和间接免疫荧光对分离的毒株进行验证.用透射电镜观察分离病毒的形态.结果 Vero E6细胞在接种咽拭子样本3d后出现细胞病变效应,用荧光RT-PCR方法从细胞培养上清中检测到SARS-CoV-2核酸.间接免疫荧光显示新型冠状病毒阳性血清可结合病毒感染的细胞,病毒主要位于细胞浆中;透射电镜观察到细胞外游离的病毒颗粒和细胞质囊泡内充满病毒颗粒的包涵体.宏基因组测序获得全长为29 891 bp的全基因组序列,与SARS-CoV-2参考基因组(NC_045512.2)变异分析表明,在ORF1a/b基因和N基因分别有1个核苷酸位点发生突变,其中N基因C→T突变导致脯氨酸→丝氨酸改变.结论 分离到第1株广州本地感染病例的SARS-CoV-2毒株,并通过基因组测序和电镜形态学观察等得到证实,为SARS-CoV-2药物筛选、致病机理研究以及疫苗研制等提供重要的“种子”资源.