差异化战略是企业重要的竞争手段，管理者对其部署有较大的自主裁量权，而内部控制系统通常被作为战略执行的保障工具。因而，如何积极引导企业战略决策有效对接国家高质量发展战略，发挥内控机制及时甄别企业战略选择风险并施以动态管控的职能，是战略管理面对的新课题。依据战略风险管理理论和制度逻辑理论，利用沪深A股制造业上市公司2011—2020年数据，通过固定效应模型、中介效应模型和零膨胀负二项模型，实证分析战略差异度对企业高质量发展的影响效果、路径及内控机制的作用机理。研究得出：战略差异度与全要素生产率呈倒U型关系，存在风险阈值；良好的内控机制有正向曲线调节效应，可以优化两者之间的关系，具有显著的风险阈值管理作用；非效率投资、创新产出受阻是激进战略决策阻碍全要素生产率提高的重要中介变量，而高质量的内控机制对此可以起到较好的风险管控作用；良好的内控机制可以有效缩短高差异度战略决策对全要素生产率损害的持续时间，有助于企业将偏离阈值的战略决策尽快回调，具有风险反馈与矫正作用。因此，企业应加强内控机制建设，将企业战略选择风险管控纳入前置管理和阈值动态管理，为制造业的高质量发展提供一定的制度支持。