当前,内外部环境改变导致经济增速放缓,中国面临陷入“中等收入陷阱”风险,以创新驱动实现经济高质量发展越发重要.以经济效率提升与经济动能转换综合衡量经济高质量发展水平,使用2001-2017年中国省际面板数据,实证检验基础研究与应用研究对中国经济高质量发展的异质性影响.结果发现:①基础研究与应用研究均有利于经济效率提升,只有基础研究显著促进经济动能转换;②东中西部地区收入水平存在差距,基础研究对经济高质量发展存在阶梯式地区异质性影响,即对东部地区经济效率有显著促进作用,对中部地区无显著影响,对西部地区有显著抑制作用,且仅对东部地区经济动能转换具有显著促进作用,但应用研究无显著地区异质性影响;③基础研究存在显著门槛效应,只有达到一定收入水平,基础研究才会促进地区经济高质量发展;④为实现2025年前后顺利跨越“中等收入陷阱”,未来中国基础研究投入年均增幅需保持在[24.7％,29.3％]区间.